中国农业历史文献特藏室的筹建与英国著名学者李约瑟博士的来访密不可分。1944年5月，李约瑟博士访问战火中的中山大学农学院并关注梁家勉的农史研究，这给正处于萌芽阶段的华南农史研究以极大鼓励，负责中山大学农学院图书工作的梁家勉萌发了建立“中国农业历史文献专藏”的构想，并草拟了《简则》。1954年，中央农业部举办座谈会，号召整理祖国农业遗产为农业生产服务。在丁颖的支持下，梁家勉于华南农学院图书馆建立“中国农业历史文献特藏室”，开始有计划地进行农业文献的收集、典藏和研究，经过长期的坚守逐渐成为国内外著名的农史文献典藏中心及古农书版本收藏最丰富的书库，曾受到李约瑟、竺可桢、曹天钦、辛树帜、刘瑞龙、何康、陈耀邦等科学界、史学界著名学者和农业部领导的高度评价。1978年4月，在特藏室的基础上成立了研究室，1980年升级为农业部部批研究室，2016年发展为研究所。  

 经过几十年的发展，资料建设由最初的3—5种古籍迅速增加到现在的近10万册图书。目前馆藏线装书3.8万册，其中善本古籍387種3416册；各种明刊抄本143种620册；各类民国文献2.9万册等，形成了以古农书为核心，岭南地方文献为补充，华南农史文献为特色的大型资料库。

 

 在学校各级领导的大力支持下，近十年来，特藏书库又陆续获得学校近百万专项经费的支持，用于古籍库房整体改造及农史文献的购置，包括古籍樟木书柜的购置、库房电路改造、温湿系统、监控系统安装、大型农史文献丛书购买等。2012年全面实现图书管理、借还电子化。2013年为《广州大典》出版免费提供19278拍珍贵古籍书影。2015年完成3.8万线装古籍的普查任务。2016年特藏书库被评为“广东省重点古籍保护单位”、2018年古籍库房整体改造工作全部结束。库房藏书环境因此得到很大提升，多次接待国内外专家学者、各级领导，并获好评。此外，争取到单位及个人赠书总额达上百万元，其中2013年获得广东省地方志办价值约38万元的《广东历代方志集成》捐赠、 2013-2019获广州大典研究中心价值约42万元《广州大典》大型丛书捐赠等。2014年3月26日《南方都市报》以整版篇幅报道农史研究所特藏书库。