农业系统工程研究中心创建于1995年，是学校正式批准的校级研究机构，自创办以来，为学校在农业系统工程及管理工程相关学科的发展发挥了极大的作用。中心现有教授3人、副教授9人、其他研究人员13人、在读研究生30余人，中心团队主持国家自然科学基金、国家社科基金、教育部人文社科、广东省自然科学基金、广东省科技计划等项目30余项。

本研究中心成立初期，成员不足10人，主要在其归属学院工程学院围绕计算机及其在农业上的应用、农业系统分析、农业区域规划、计算机系统模拟等几个方向开展一些研究工作，2000年为学校申请并开办了信息管理与信息系统本科专业。2003年7月随学校学科调整本研究归属到信息学院，2008年申请并开办了工业工程本科专业（管理类）。2020年申请大数据管理与应用本科专业。

根据发展需求，研究方向也调整为系统工程、信息系统与管理、工业工程等三个，并加强了信息技术与管理的融合，特别是近年来，突出以服务“三农”为宗旨，围绕信息行为科学领域，开展农民工、新市民信息行为与信息服务、县级政府公务员信息行为与优化机制等方面的研究；围绕农业信息化开展畜禽养殖信息化、农业标准化、机器视觉技术、数据挖掘、农业专家系统、农业供应链及农产品安全溯源等领域的研究；同时，在农业系统能值分析与评价、科技服务与协同创新、金融网络、自主计算与云服务在农业系统中的应用等领域开辟了新的研究方向。